La soberanía del Sinudet radica en la voluntad expresa de sus miembros reunidos en asamblea general, siendo el orden jerárquico de los órganos de Sinudet de la siguiente manera:

1.     Asamblea General (A.G.): Es la instancia de mayor jerarquía del Sinudet. Se conforma por la mayoría de los trabajadores sindicalizados reunidos en asamblea.

2.  Congreso General (C.G.): Es la instancia en que los trabajadores delegan la discusión de los temas que afectan las condiciones de trabajo, la toma de decisiones estratégicas y estatutarias y el funcionamiento de los órganos del sindicato, en un delegado elegido en cada unidad de base.

3.   Consejo Nacional de Representantes (C.N.R.): Lo integran los representantes sindicales elegidos en cada área de trabajo. Expresa de forma directa las opiniones y voluntad  de los trabajadores de cada unidad y supervisa la actuación del CEN.

4.   Comité Ejecutivo Nacional (CEN): Representa oficial y formalmente al Sinudet y ejecuta las acciones aprobadas por la A.G., el C.G. y el C.N.R.

El CEN, es el órgano profesional que representa al Sinudet, coordina y encabeza las acciones sindicales, ejecuta las políticas aprobadas, y elabora las nuevas posiciones para alcanzar los objetivos previstos, también dirige y encabeza las acciones de la organización. Se integra actualmente por seis secretarías: La Secretaría General, la Secretaría de Relaciones Laborales, la Secretaría de Organización y Fortalecimiento Sindical, la Secretaría de Administración y previsión Social, la Secretaría de Estudios y Comunicación y la Secretaría de Relaciones Exteriores.

Secretaría General: Dirige y coordina los trabajos del CEN y representa a la organización ante las autoridades y demás instancias públicas y privadas. También representa al Sinudet legal, oficial y socialmente.

Secretaría de Relaciones Laborales: Se encarga de asesorar, orientar y defender a los trabajadores en cualquier conflicto laboral, así como cuidar el respeto a la dignidad y los derechos del trabajo, promueve el escalafón y cuida de la atención del Servicio Médico.

Secretaria de Organización y Fortalecimiento Sindical: Esta cartera se ocupa de estimular la participación de los trabajadores en el quehacer sindical y defender el derecho a la asociación colectiva.

Secretaria de Administración y previsión Social: Su objetivo es cuidar el uso racional, eficiente y transparente del patrimonio sindical, promover el respeto a la equidad de género y gestionar mejoras de bienestar social y económico para los agremiados.

Secretaria de Estudios y Comunicación: Su objetivo es propiciar la comunicación entre los trabajadores, los órganos del sindicato y la comunidad del Bancomext, también se encarga de dotar al CEN de diagnósticos y análisis en materia laboral, económica y política principalmente.

Secretaria de Relaciones Exteriores: Su objetivo es establecer vínculos con otras organizaciones afines, salvaguardando la autonomía del Sinudet.

5.   Coordinación del Consejo Nacional de Representantes: Es el órgano encargado de auxiliar los trabajos del CNR cuidando que su funcionamiento sea autónomo y se dé seguimiento a las actividades y proyectos del CEN y las comisiones nacionales autónomas.

6.   Comisión Nacional Autónoma de Vigilancia y Fiscalización (CNAVF):Es el órgano del Sinudet que se ocupa de cuidar que la actividad sindical de sus órganos se realice bajo los principios de Igualdad, honradez y justicia.

7.   Comisión Nacional Autónoma de Honor y Justicia (CNAHJ): Esta Comisión se encarga de enaltecer el espiritu sindicalista y el desempeño destacado de los agremiados.

8.   Comisión Nacional Electoral (CNE):Este órgano se encarga de organizar, calificar y dar validez a la elección del CEN y cualquier otro proceso en que los agremiados deban de expresarse de manera universal.

9.   Asamblea de trabajadores: Es la que se realiza en cada unidad de base para elegir a su representante sindical que ocupará esta designación por 4 años y asistirá a la CNR. De la misma manera elige a su delegado para que acuda el Congreso General.